Drevni DNK pokazuje da su neandertalci i denisovani Hamiti

Evolucionisti vjeruju da su moderni ljudi potekli od zajedničkog pretka s neandertalcima, koji su izumrli dok su moderni ljudi nastavili evoluirati. Ovo gledište podržava nedavno objavljeno filogenetsko stablo koje pokazuje da se neandertalski i denisovanski Y hromozomi razlikuju od svih modernih Y hromozoma. Ali ovo stablo ima korijene da pokaže da svi ljudi, uključujući neandertalce i denisovane, potiču od zajedničkog pretka sa šimpanzama. Studija predstavljena ovdje koristi rekonstrukciju ovog stabla hromozoma Y zasnovanu na biblijskoj pretpostavci da su svi ljudi potekli od Noja. Stablo, izgrađeno korištenjem predloženog ‘Nojevog’ korijena, pokazuje da neandertalski i denisovanski Y hromozomi potiču od Nojevog Y hromozoma po Hamovoj liniji. Drevni Y hromozomi se upoređuju sa modernim analizom sličnosti sekvenci i zajedničkih alela otkrivajući da, iako se razlikuju od većine modernih, oni su poput modernih Y hromozoma u A haplogrupi. Duge grane drveta u ovom predloženom stablu s Nojevim korijenom ukazuju na visoke stope mutacije Y hromozoma za neandertalske, denisovanske i moderne A haplogrupe Y hromozoma. Neandertalski Y hromozom se takođe poredi sa drugim Y hromozomima kamenog doba sa sličnim rezultatima. Pitanja o kojima se raspravlja uključuju probleme upotrebe drevne DNK, uzroke visoke stope mutacija, migraciju neandertalaca u Evropu nakon događaja u Vavilonu i vjerovatne uzroke izumiranja neandertalaca. Budući da loze neandertalskog Y hromozoma mogu postojati u svijetu, predlaže se plan za pronalaženje ovih loza. Zaključci ove analize i dalje su slabi zbog male veličine uzorka, samo nekoliko neandertalskih Y hromozoma je sekvencionirano i teškoće upotrebe drevne DNK. Ipak, razumijevanje genetike ljudske istorije zahtijeva da se podaci tumače u svjetlu Postanja, koji bilježi da su svi ljudi potekli od Noja.

 

Uvod

Prema Bibliji, svi živi ljudi potekli su od Noja i raspršili se po cijeloj zemlji iz mesopotamskog grada Vavilona (Postanje 11:9). Ako su neandertalci potomci Noja, onda su u potpunosti ljudi. Ali pošto su oni poseban narod, možda bismo ih trebali nazvati Homo sapiens neanderthalensis. Najstariji ljudski ostaci pronađeni u Evropi pripadaju neandertalcima, koji su pobjegli iz Vavilona u zapadnu Evroaziju i ravnice sjeverne Evrope. Tamo su živjeli kao lovci-sakupljači prateći pleistocenska stada mamuta i jelena, dok su ih glečeri ledenog doba natjerali na jug u Francusku i Španiju (Lubenow 2004, 263; Oard 2003, 217).

Ali da li neandertalci zaista potiču od Noja? Ili su mogli biti među ljudima koje je potop zbrisao? Činjenica da su ostaci neandertalaca pronađeni zakopani u grobovima i sedimentima dna pećina snažan je dokaz da su živjeli u svijetu nakon potopa jer je potop obrisao površinu zemlje od svih tragova pretpotopne civilizacije (Clarey 2023). Dakle, neandertalci su vjerovatno bili prvi ljudi koji su naselili Evropu nakon Vavilona. Kasnije su drugi migranti donijeli poljoprivredu u Evropu (Colledge et al. 2019; Shennan and Edinborough 2007). Neandertalci su se ukrštali s njima i bili apsorbovani u rastuću populaciju. U skladu sa istorijskim zapisima Postanja, uspon i pad drevne evropske neandertalske kulture mogu se prikazati na ovaj način.

Za razliku od ovog biblijskog gledišta, konvencionalno shvatanje je da su neandertalci evoluirali u Africi, migrirali u Evropu i živjeli kao lovci-sakupljači nekoliko stotina hiljada godina, dok su višestruka ledena doba napredovala i povlačila se preko sjeverne Evrope. Nisu inovirali ili napredovali u svojoj tehnologiji, već su koristili iste vrste oružja 200.000 godina, čak ni ne petljajući s time (Villa i Roebroeks 2014). Na kraju su se neandertalci ukrštali s drevnim, anatomski modernim ljudima (AMH), koji su takođe migrirali iz Afrike u Evropu (Sankararaman et al. 2014). AMH su drevni ljudi, koji se anatomski ne razlikuju od modernih ljudi, čiji se skeleti razlikuju od skeleta neandertalaca po tome što su gracilniji i nemaju tipičnu neandertalsku morfologiju lobanje. Neandertalci su izumrli prije oko 40.000 godina kako se populacija naprednijeg AMH proširila. Prema ovom mišljenju, proces evolucije je ostavio neandertalce iza sebe. Zamijenili su ih AMH koji su imali oštriji intelekt, veću spretnost i složeniju jezičku komunikaciju. Za razliku od neandertalaca, evropski AMH je brzo razvio poljoprivredu i metalurgiju (Villa and Roebroeks 2014). Tako su neandertalci izumrli kako je ledeno doba završilo, a AMH je donio tehnologiju bronzanog doba u Evropu sa Mediterana i Bliskog istoka. U skladu s evolucijskom teorijom, uspon i pad drevne evropske neandertalske kulture može se prikazati na ovaj način.

Jasno je da su sekularni i biblijski pogledi u suprotnosti oko istorije neandertalaca. Svaka strana regrutuje neandertalce za svoju stvar, kao podršku evolucionoj teoriji s jedne strane i kao podršku biblijskoj istoriji s druge (Habermehl 2010). Nedavna pojava sekvenciranja drevne DNK (aDNK) dovela je ovu kontroverzu u domen genetike objavljivanjem neandertalskog genoma. I nije iznenađujuće, prema nekoliko pretpostavki, bilo koja strana može protumačiti ove nove genetske podatke u prilog svojoj paradigmi. Genetski podaci nisu sporni. Umjesto toga, različite su pretpostavke koje proizvode ove različite neandertalske istorije. Ono što slijedi je ilustracija ovog principa koristeći podatke neandertalskog Y hromozoma.

Institut za evolucijsku antropologiju Max Planck objavio je rad pod naslovom „Evolucijska istorija neandertalskih i denisovanskih Y hromozoma“ (Petr et al. 2020) koji prikazuje podatke o Y hromozomu od tri neandertalca, dva denisovanca i 20 modernih muškaraca u filogenetskom stablu sa Y hromozom šimpanze kao vanjske grupe. Drvo je ukorijenjeno na evolucijski način, s ljudima koji dijele zajedničkog pretka s neandertalcima koji su navodno živjeli prije 245.000 godina. Neandertalci su zauzvrat dijelili zajedničkog pretka sa Denisovanima (sestrinska grupa neandertalaca) koji su navodno živjeli prije 370.000 godina i svi ljudi su dijelili zajedničkog pretka sa šimpanzama. Glavni zaključak ove studije je da se „neandertalski Y hromozomi grupišu i ne spadaju u varijacije današnjih ljudskih Y hromozoma“ (Petr et al. 2020, 1653). Implikacija je, naravno, da su se neandertalci odvojili od AMH-a koji je nastavio evoluirati dok neandertalci, budući da su genetski inferiorni, nisu imali vrijednost za preživljavanje i otišli su do izumiranja. Stoga su genetski podaci interpretirani koristeći evolucijsku pretpostavku, što je rezultiralo evolucijskim zaključkom. Ovo gledište može uvjeriti neke hrišćane da vjeruju da su ljudi evoluirali od majmuna jer misle da genetski podaci neandertalaca dokazuju ljudsku evoluciju i poništavaju zapise Postanja. Ali isti genetski podaci mogu se tumačiti biblijskim pretpostavkama kako bi se proizveo rezultat koji je u skladu s Postankom.

Ovaj rad predstavlja reinterpretaciju ove studije Maxa Plancka prema zapisu Postanja, koji je prema pretpostavci da su svi ljudi, uključujući neandertalce i denisovance, potekli od Noja. Biblijska pretpostavka uključuje preusmjeravanje filogenetskog stabla Maxa Plancka sa šimpanze na zajedničkog ljudskog pretka čiji je Y hromozomski slijed kao kod modernih ljudi. Konkretno, korijen hromozoma Noah Y koji je predložio Jeanson (2019; 2022, 174), opisan u nastavku, koristi se za ukorjenjivanje drveta. U ovom stablu s korijenom Noja, podaci Max Planck Y hromozoma sada pokazuju da neandertalski i denisovanski Y hromozomi padaju blizu današnjih ljudskih Y hromozoma u A haplogrupi. Ovo tumačenje je podržano sličnošću sekvenci između drevnih Y hromozoma i modernog Y hromozoma A haplogrupe iz studije Max Planck. Dalja podrška dolazi iz poređenja sličnosti mutacija između jednog od neandertalskih Y hromozoma Max Planck i Y hromozoma kamenog doba. Interpretirano u svjetlu Postanja, drevna DNK Y hromozoma prikazuje neandertalce i denisovane koji potiču od Noja u Hamovom rodu.

 

Metode

Skupovi podataka Y hromozoma

Podaci o Max Plancku, dati u varijantnom formatu poziva (VCF), preuzeti su (24. februara 2022.) iz Evropskog arhiva nukleotida (pristupni broj PRJEB39390). Ova VCF datoteka sadržavala je podatke o Y hromozomu od tri neandertalca, dva denisovana, 20 modernih muškaraca i šimpanze. U fajlu su navedeni segmenti Y hromozomske sekvence u iznosu od 6,9 miliona baza (MB) sa genotipovima koji se nazivaju u odnosu na referentni genom GRCh37 za 221.138 jednonukleotidnih polimorfizama (SNP).

Podaci o Y hromozomu od Karmin et al. (2015) preuzeti su 5. septembra 2020. sa Estonskog biocentra (http://www.ebc.dd/free_data/Ychr). Iz ove datoteke su dobijeni genotipovi 38.073 SNP-a koji pripadaju 13 uzoraka (četiri iz A haplogrupa i devet iz B haplogrupa). Ovi dodatni moderni uzorci korišteni su za dopunu modernih uzoraka Max Planck koji su imali samo jedan uzorak u A haplogrupi i jedan uzorak u B haplogrupi. Karminovi uzorci su bili ograničeni samo na one pozicije navedene u sekvenci od 6,9 MB korištenoj u Max Planck podacima. Podaci iz ovih 13 uzoraka su zatim kombinovani sa Max Planck VCF datotekom, uključujući podatke od tri neandertalca i dva denisovana, a datoteka je skraćena da uključuje samo 221.138 SNP pozicija prisutnih u Max Planckovom VCF. Ova kombinovana VCF datoteka sadržavala je 38 uzoraka, 25 originalnih Max Planckovih uzoraka bez šimpanze, plus 13 dodatnih uzoraka iz Karminovih podataka. Ovo se zove Max Planck Karminova VCF datoteka.

Sledeća četiri fajla preuzeta su 16. avgusta 2022. iz Allen Ancient DNK Resource (Mallick et al. 2023) David Reich Lab na Harvardu (link).

1. Fajl koji sadrži meta-informacije za svaki od 12.650 uzoraka aDNK (“v52.2_1240K_public.txt”).
2. Fajl sa tri kolone: ​​ID pojedinca, spol i stanovništvo (“Allen_aDNA_samples.ind”).
3. Fajl sa informacijama o svakoj analiziranoj SNP poziciji uključujući identifikacioni broj, poziciju hromozoma na GRCh37 referentnom genomu, referentni alel i varijantni alel (“Allen_aDNA_variants.SNP”).
4. Datoteka koja navodi SNP pozicije kao redove i navodi genotipove kao kolone za svih 12.650 uzoraka (“v52.2_1240K_public.estratForJM.geno”).

Ova datoteka genotipa bila je u formatu „packedancestrymap“, koji je otvoren u ljudskom čitljivom obliku pomoću vlasničkog softvera dostupnog na mreži iz Reich Lab-a. Zatim je napravljen VCF fajl koji uključuje samo genotipove Y hromozoma za 32.670 SNP-ova Y hromozoma iz Allen skupa podataka.

 

Analiza Y hromozoma

Iz VCF datoteke Max Planck skupa podataka, transverzioni SNP-ovi su konvertovani u FASTA datoteku koristeći prilagođenu Python skriptu. Iz ovoga je napravljeno filogenetsko stablo korišćenjem MEGA11 (algoritam za spajanje susjeda sa zadanim postavkama) dostupno online na https://www.megasoftware.net i Fig Tree dostupno online na http://tree.bio.ed.ac.uk/softver/figtree. Potom je napravljena bliska reprodukcija objavljenog Max Planckovog stabla srednjim ukorjenjivanjem stabla. Drugo stablo je napravljeno korišćenjem istog FASTA fajla i istih algoritama, ali ovo stablo je ukorijenjeno u Noju tako da su haplogrupe Y hromozoma podijeljene na sledeći način: haplogrupe A–H koje pripadaju Hamu, haplogrupe I–J koje pripadaju Jafetu i haplogrupe K–T koje pripadaju Šemu. Ovaj Nojev korijen je prema Jeansonovom prijedlogu (2022, 174).

Iz Max Planck Karminove VCF datoteke napravljena je FASTA datoteka samo transverzionih SNP-ova. Iz ovog FASTA fajla proizvedeno je slično filogenetsko stablo Noah ukorijenjeno pomoću softvera MEGA11 i Fig Tree.

Prilagođene Python skripte su napisane da uporede sličnosti sekvence Y hromozoma svih uzoraka u Max Planck 6,9 MB VCF datoteci sa referentnim genomom GRCh37 i urađena je statistička analiza rezultata. Transverzioni SNP genotipovi za neandertalske i denisovanske Y hromozome upoređeni su sa modernim Y hromozomima u Max Planck Karminovoj VCF datoteci koristeći Jaccardov indeks sličnosti (JC), koji predstavlja broj zajedničkih izvedenih alela podijeljen s ukupnim brojem izvedenih alela u paru uzoraka. Mezmaiskaya 2 (Mez2) neandertalski Y hromozom SNP genotipovi iz Max Planck skupa podataka su takođe upoređeni sa odabirom od 99 Y hromozoma kamenog doba iz Allen skupa podataka. Ovaj odabir uzoraka aDNK iz Allen skupa podataka bio je zasnovan na zahtjevu da uzorci budu stariji od 3.000 godina prije sadašnjih i da imaju najmanje 3.000 poziva genotipa za SNP pozicije 5.226 Y hromozoma zajedničke za Max Planck i Allen skupove podataka. Dva Denisovana (Den4 i Den8) i Neandertalci Spy 1 i Elsidron, svi iz skupa podataka Max Planck, nisu ispunili ove kriterije i stoga nisu uključeni za poređenje sa 99 uzoraka iz kamenog doba. Jedan neandertalac i 99 Y hromozoma kamenog doba su zatim analizirani JC i glavnim komponentama.

Matrice udaljenosti u paru koje dijele alele napravljene su od transverzionih SNP-ova VCF datoteka za analizu glavnih komponenti (PCA) korištenjem PCA algoritma dostupnog na mreži sa SKlearn (https://scikitlearn.org/stable/).

VCF fajlovi za ovu istragu zajedno sa Python skriptama, “similarity2_snp.py” i “pca_play.py”, dostupni su na Zenodu u spremištu “https://zenodo.org/deposit/8115044”. Dodatni podaci dostupni su na zahtjev.

 

Rezultati

Filogenetska stabla Y hromozoma

Slika 1 je reprodukcija objavljenog Max Planckovog stabla bez grane vangrupe šimpanze. Uzorci drevnih Y hromozoma su označeni crvenom bojom, moderni zelenom bojom, osim uzorka a00_A00 koji je označen plavom bojom. Neandertalci se granaju zajedno, a Denisovani zajedno. Kao što je navedeno u Max Planckovom radu, ovi drevni uzorci Y hromozoma su odvojeni od svih modernih, a najbliži moderni Y hromozom je uzorak a00_A00. Prema ovom tumačenju, najnoviji zajednički predak svih modernih Y hromozoma živio je prije 249.000 godina. Zajednički predak između neandertalaca i svih modernih ljudi živio je prije 370.000 godina, a zajednički predak između neandertalaca i denisovana živio je prije 700.000 godina prema evolucijskom korijenu drveta Maxa Plancka.

Slika 2 je stablo napravljeno od istih Max Planck podataka kao i sl. 1, ali ponovo ukorijenjena u Noju (Jeanson, 2022, 174). Tri grane potiču iz ovog Nojevog korijena: Šem je haplogrupe N–R (zeleno), Ham je haplogrupe A–E (plavo), a Jafet je haplogrupe I–J (narandžasto). Sada se vidi da neandertalci i denisovani potiču od Noja u Hamovoj liniji i granaju se iz B haplogrupa zajedno sa uzorkom a00_A00. U ovom stablu Y hromozoma ukorijenjenog Noja, savremeni muškarci u A haplogrupi dijele zajedničko porijeklo s neandertalcima i denisovanima. Nojevom korijenu pripisuje se datum 2500. godine prije Hrista, što je opšteprihvaćen datum Potopa. Datum razdvajanja haplogrupa A i B pripisuje se 2100. p.n.e. prema Jeansonu (2022, 70).

Slika 3 je Max Planck stablo sa Nojevim korijenom kojem je dodato više uzoraka hromozoma A i B haplogrupe Y iz Karminovog skupa podataka. Na ovom stablu vide se kako se neandertalci i denisovani granaju među članovima haplogrupe A nakon što se grane A i B razdvoje. Ovdje se Denisovani pojavljuju bliže srodnicima A3, a neandertalci se pojavljuju bliže s A00 haplogrupama.

 

Sličnosti sekvenci Y hromozoma

Tabela 1 prikazuje izračunate sličnosti sekvenci uzoraka Y hromozoma sa referentnim genomom GRCh37 za sve Y hromozome u Max Planck 6,9 MB VCF datoteci. Srednja sličnost sekvence 5 drevnih uzoraka sa referentnim genomom GRCh37 je 0,9992 (standardna devijacija = 3,28E-4). Srednja sličnost sekvence 20 modernih uzoraka sa referentnim genomom GRCh37 je 0,9999 (standardna devijacija = 7,42E-5). Ove srednje vrijednosti se značajno razlikuju na nivou značajnosti 0,05 (p = 7,4E-5). Sličnost sekvenci modernog uzorka a00_A00 značajno se razlikuje od srednje sličnosti savremenog niza (z = -4,027, p = 0,28E-4), ali se ne razlikuje značajno od srednje vrijednosti neandertalaca i denisovana (z = 1,1687, p = 0,12086). Drugim riječima, Max Planck a00_A00 Y hromozom je kao neandertalski i denisovanski Y hromozom po tome što se svi značajno razlikuju od većine modernih sekvenci, ali se ne razlikuju značajno jedni od drugih kada se svi uporede sa referentnim genomom. Slika 4 je histogram rezultata iz Tabele 1. Savremeni hromozom Y haplogrupe a00_A00 (A00 na slici 4) je više sličan drevnim nego modernim ljudima na slici. 4 i najviše liči na Mez2 neandertalski Y hromozom.

Tabela 1. Identiteti sekvenci hromozoma Max Planck Y. Identiteti u poređenju sa GRCh37 referentnim genomom za 6,9 miliona baza sekvence Y hromozoma. Srednji identitet sekvence i standardna devijacija dati su za drevne uzorke neandertalaca (Mez2, Elsidron2, Spy1) i denisovana (Den4, Den8) i za moderne uzorke u studiji Max Planck (Petr et al. 2020). Drevna i moderna sredstva značajno se razlikuju na nivou od 0,05 (p = 0,00007). Kao što se vidi u Z vrijednostima četvrtog stupca, identiteti sekvenci za neandertalce i a00_A00 moderne se značajno razlikuju od srednje vrijednosti modernih. Međutim, identitet sekvence a00_A00 ne razlikuje se značajno od srednje vrijednosti drevnih Y hromozoma (Z = 1,17073, p = 0,12086).

Naziv uzorka	Grupa	Identitet sekvence	Z vs modernog značenja
Den4	Drevna	0,999403	-6,56757
Den8	Drevna	0,999276	-8,28378
Mez2	Drevna	0,999517	-5,02703
Elsidron2	Drevna	0,999263	-8,45946
Spy1	Drevna	0,998577	-17,72973
	Srednji drevni identitet	0,999207 ± 0,000328	-9,21622
a00_A00	Moderna	0,999591	-4,02703
S_BeduinB-1_J1b2b	Moderna	0,999908	0,25676
S_Burmanski-1_O3a1c2	Moderna	0,999917	0,37838
S_Dai-2_O21a	Moderna	0,999915	0,35135
S_Dinka-1_E2a	Moderna	0,999879	-0,13514
S_finski-2_I1a1b5	Moderna	0,999910	0,28378
S_francuski-1_J2a1b1	Moderna	0,999915	0,35135
S_Gambian-1_E1b1a1a1f	Moderna	0,999877	-0,16216
S_Han-2_O1a1	Moderna	0,999915	0,35135
S_Ju_hoan_North1_B2b1b	Moderna	0,999835	-0,72973
S_Karitiana-1_Q1a2a1a1	Moderna	0,999936	0,63514
S_Mendenka1_E1b1a1a1g1	Moderna	0,999877	-0,16216
S_Mbuti-1_E1b1a1a1g1	Moderna	0,999874	-0,2027
S_Papuan-2_S	Moderna	0,999914	0,33784
S_Punjabi-1_J2a1	Moderna	0,999915	0,35135
S_Saami-2_N1c1a1a2a	Moderna	0,999913	0,32432
S_Sardinian-1_J1b2b	Moderna	0,999909	0,27027
S_Thai-1_O3a2c	Moderna	0,999918	0,39189
S_Turkish1_R1b1a2a1a2c1g	Moderna	0,999982	1.25676
S_Yoruba-2_E1b1a1a1f1b1	Moderna	0,999877	-0,16216
	Moderni identitet	0,999889 ± 0,000074	0
Šimpanza		0,966915	-445,59459

 

Poređenje Y hromozoma po Jaccard koeficijentu

Tabela 2 prikazuje JC za sličnost alela izvedenog iz Y hromozoma upoređujući neandertalce i denisovane sa modernim ljudima u Max Planck Karmin VCF fajlu. Elsidron neandertalac nije uključen u ovu tabelu, niti u bilo koje od JC proračuna, budući da su podaci za Elsidron dobijeni iz samo 560 kb sekvence naspram 6,9 Mb za druge drevne ljude (Petr et al. 2020). Srednji JC rezultati su navedeni sa standardnim devijacijama (SD). Nijedan SD nije dat za N, Q i R jer je postojao samo jedan moderni uzorak u svakoj od ovih haplogrupa. Slika 5 prikazuje dijagram JC vrijednosti datih u tabeli 2. Upoređujući alele izvedene pomoću JC, Y hromozomi neandertalaca i denisovana iz studije Max Planck najviše liče na Y hromozome A haplogrupe.

Tabela 2 . Poređenje neandertalskih i denisovanskih Y hromozoma sa modernim. Vrijednosti Jaccard koeficijenta upoređujući zajedničke alele neandertalaca (Mez2, Spy1) i Denisovana (Den4, Den8) iz VCF-a Max Planck Karmin, Y hromozoma, sa modernim uzorcima u navedenim haplogrupama Y hromozoma A–R. Srednje vrijednosti su date zajedno s rasponom jedne standardne devijacije. Nisu date standardne devijacije za N, Q i R jer je postojao samo jedan uzorak u svakoj od ovih haplogrupa.

	A	B	E	J	N	O	Q	R
Den4	0,326 ±,124	0,221 ±,058	0,046 ±,001	0,035 ±,001	0,034	0,033 ±,001	0,026	0,004
Den8	0,377 ±,119	0,258 ±,065	0,045 ±,001	0,036 ±,001	0,035	0,036 ±,001	0,028	0,008
Mez2	0,437 ±,086	0,297 ±,057	0,097 ±,001	0,074 ±,001	0.07	0,071 ±,001	0,053	0,014
Spy1	0,358 ±,161	0,238 ±,070	0,019 ±,001	0,010 ±,001	0,011	0,011 ±,0001	0.19	0,044

 

Tabela 3 prikazuje JC za izvedenu sličnost alela upoređujući Mezmaiskaya 2 neandertalski Y hromozom iz podataka Max Planck sa 99 Y hromozoma kamenog doba iz Allen Ancient DNK Resource. Srednji JC za svaku haplogrupu je dat zajedno sa rasponom jedne standardne devijacije. Haplogrupe predstavljene sa samo 1 ili 2 uzorka među 99 Y hromozoma kamenog doba nisu date u tabeli 3. Slika 6 je dijagram vrijednosti navedenih u tabeli 3 sa dodatkom trake za jedan uzorak E haplogrupe. Trake grešaka predstavljaju jedno standardno odstupanje. Obje slike 5 i 6 koriste JC vrijednosti za poređenje ljudi prema njihovim alelima na pozicijama varijanti Y hromozoma (SNP). Slika 5 upoređuje 2 neandertalca i 2 denisovana sa svim modernim ljudima u studiji Maksa Planka. Slika 6 upoređuje jednog neandertalca sa podacima u Alenovom drevnom DNK resursu sa drugim drevnim ljudima u tom skupu podataka. Metapodaci za 99 uzoraka iz kamenog doba koji su upoređeni s neandertalcem na sl. 6 je u tabeli 4. Upoređujući izvedene alele transverzionih SNP-ova, Mezmaiskaya 2 neandertalski Y hromozom najviše liči na Y hromozom kamenog doba u A haplogrupi. Puni metapodaci za tabelu 4 dostupni su u datoteci “v52.2_1240K_public.txt” koja se može preuzeti sa „Allen Ancient DNK Resource“ (link), verzija 52.2.

Tabela 3. Poređenje Y hromozoma neandertalca i kamenog doba. Vrijednosti Jaccard indeksa (JC) za zajedničke izvedene alele upoređujući hromozom Y Mezmaiskaya 2 neandertalca sa 99 Y hromozoma kamenog doba iz Allen Ancient DNK Resource. Srednja vrijednost za svaku navedenu haplogrupu (A–R) data je zajedno s rasponom jedne standardne devijacije. JC vrijednosti nisu date za one haplogrupe predstavljene sa samo 1 ili 2 uzorka među 99 uzoraka iz kamenog doba.

	A	B	C	G	I	N	Q	R
Mez2	0,891 ±,005	0,576 ±,066	0,416 ±,067	0,315 ±,080	0,299 ±,035	0,261 ±,104	0,214 ±,057	0,167 ±,114

 

Tabela 4. Metapodaci za 99 uzoraka iz kamenog doba. Metapodaci iz Alenovog drevnog DNK resursa za Y hromozome koji su korišteni u izradi tabele 3, sl. 6 i sl. 9. Kolone su Allen indeks skupa podataka (Index), Allen glavni ID skupa podataka (Master ID), biološki izvor uzorka (Uzorak), sekularna starost C-14 (Age), zemlja u kojoj je uzorak pronađen (Država), haplogrupa Y hromozoma (Haplogroup) i tip nalaza (Site). Haplogrupe su možda bile skraćene, označene završetkom “~”. „Lokacija“ je mjesto na kojem su pronađeni posmrtni ostaci koji su navedeni u Allenovim metapodacima. „Laboratorija“ znači laboratorijski ili muzejski kostur. „Grobnica“ znači ukop ili grob povezan s kamenom strukturom ili monolitom. „..“ znači nije navedeno.

Indeks	Master ID	Uzorak	Dob	Država	Haplogrupa	Lokacija
32	I0231	kost	4844	Rusija	R1b1a1b1b3	..
321	I5207	petrozni	7150	Austrija	J2a1	..
582	I3442	petrozni	4998	Belize	Q1b1a1a	ukop
689	Sumidouro5	..	10372	Brazil	Q1b1a1a	..
782	I10871	petrozni	7913	Kamerun	A00	ukop
783	I10872	petrozni	7820	Kamerun	B	ukop
784	I10873	petrozni	3097	Kamerun	B	ukop
1154	A460	..	5130	Čile	Q1b1a1a	pećina
1647	HOP001	..	4240	Češka	R1b1a1b1a1~	..
1752	KO1002	..	4533	Češka	R1b1a1b1a1a	..
1962	MIB022	..	3866	Češka	R1b1a1b1a1~	..
2483	I2452	petrozni	4052	VB	R1b1a1b1a1~	lab
2971	I12440	petrozni	5600	VB	I2a1b1a1a1	grobnica
2981	I13899	zub	5600	VB	I2a1b1a1a1b	grobnica
2982	I20821	zub	5486	VB	I2a1b1a1a1	grobnica
2983	I21385	zub	5680	VB	I2a1a1b	grobnica
3558	2HC51961131	rebro	5161	Francuska	I2a1b1b	grobnica
3725	SATP	petrozni	13282	Gruzija	J1	..
4116	I1560	zub	5350	Njemačka	J21b1a	grobnica
4123	MX259	petrozni	4246	Njemačka	R1b1a1b1a1~	..
4291	I0070	kost	4000	Grčka	J2a1a1a2b1b	..
4841	I1495	petrozni	6367	Mađarska	I2a1a1b	..
5311	rath2	petrozni	3819	Irska	R1b1a1b1a1~	..
5332	prs010	zub	5522	Irska	I2a1b1a1a	grobnica
5335	prs016	zub	5539	Irska	I2a1b1a1a1	grobnica
5336	prs018	zub	5643	Irska	I2a1a2	grobnica
5341	ANN1	petrozni	5405	Irska	I2a1b1a1a1b	ukop
5344	ASH1	petrozni	5501	Irska	I2a1b1a1a1b	..
5355	PB2031	petrozni	5431	Irska	I2a1a1b	grobnica
5357	PB581	petrozni	5413	Irska	I2a1b1a1a1	grobnica
5358	PB672	petrozni	5442	Irska	I2a1a1b	grobnica
5359	PB675	petrozni	5171	Irska	I2a1a1b	grobnica
5663	I26771	petrozni	11868	Italija	I2a1b2	..
5693	RISE487	zub	5207	Italija	I2a1a1a1~	grobnica
5712	JK2839	zub	3111	Italija	G2a2b2b	..
5852	RIP001	zub	16736	Italija	I2a1b1	..
6070	I6459	petrozni	3234	Jordan	J1a2a1a2d~	..
6254	I3767	zub	3684	Kazahstan	R1a1a1b2a~	..
6277	BOT15	..	5143	Kazahstan	N	..
6296	I11541	petrozni	3684	Kazahstan	R1a1a1b2a2	ukop
6806	Donkalnis4	..	7823	Litvanija	I	..
7301	I13173	petrozni	3722	Mongolija	N	grobnica
7403	TAF013	petrozni	14500	Maroko	E1b1b1a	..
8274	I4253	zub	4266	Poljska	R1b1a1b	grobnica
8309	I2403	kost	4667	Poljska	I2a1b1a2b	..
8324	RISE1165	petrozni	4754	Poljska	I2a1b1a2b	..
8329	RISE1168	petrozni	4672	Poljska	I2a1b1a2b	..
8362	pcw420	petrozni	4300	Poljska	R1a1a	..
8580	I11902	petrozni	5950	Rumunija	I2	..
8581	I11906	petrozni	5950	Rumunija	H	..
8613	I3950	petrozni	4707	Rusija	Q1b2a1a~	..
8634	I3949	petrozni	4569	Rusija	Q1b	..
8654	RISE512	zub	3328	Rusija	R1a1a1b2a2	..
8659	irk025	zub	4350	Rusija	Q1b1b~	..
8660	irk036	zub	4720	Rusija	Q1b1b~	..
8670	I3427	zub	4270	Rusija	Q1b1a3a1~	..
8671	RISE718	zub	4434	Rusija	Q1b1a3a1~	..
8679	RISE675	kost	4517	Rusija	R1b1a1b1b	grobnica
8843	RISE495	zub	3100	Rusija	R1a1a1b2a~	..
8848	I0211	zub	8450	Rusija	J1	..
8861	kra001	zub	4170	Rusija	N1a1a1a1a	..
8864	DA354	zub	4591	Rusija	Q1b1b~	grobnica
8870	irk075	zub	5397	Rusija	Q1b1b~	..
8884	irk068	zub	4468	Rusija	Q1b1b~	..
8885	irk007	zub	8801	Rusija	N1a2	..
8905	I6294	zub	4709	Rusija	R1b1a1b1b	..
9002	KDC001	petrozni	3838	Rusija	J2b2a1	grobnica
9021	I0439	kost	5021	Rusija	R1b1a1b	..
9024	I0444	kost	5003	Rusija	R1b1a1b1b3	grobnica
9064	DA248	zub	7646	Rusija	N1a2	grobnica
9110	kzb003	..	3653	Rusija	R1a1a1	ukop
9137	Sunghir1	kost	33209	Rusija	C1a2	..
9139	Sunghir3	kost	34517	Rusija	C1a2	..
9140	Sunghir4	kost	34323	Rusija	C1a2	..
9163	I1526	zub	4779	Rusija	Q1b1b~	..
9164	I7335	zub	4465	Rusija	Q1b1a3	..
9225	Yana2	zub	31850	Rusija	P1~	..
9369	I2631	petrozni	4957	VB	I2a1a2	..
9776	EHU001	zub	4121	Španija	R1b1a1b	..
9833	I4559	zub	3550	Španija	R1b1a1b1a1a	..
9889	I3209	falanga	7815	Španija	F	..
9891	I8130	zub	7957	Španija	CT	..
10356	RISE207	zub	3344	Švedska	I1	..
10382	vbj007	zub	4469	Švedska	I2	..
10386	vbj014	zub	4802	Švedska	I	..
10411	Olsund	..	4306	Švedska	R1a1a1	..
10435	Ajvide70	..	4700	Švedska	I2a1a1b	..
10966	ART017	petrozni	5166	Turska	J2a1a1a2b~	..
10978	ART024	petrozni	5384	Turska	G2a2b1	..
11057	I0709	petrozni	8085	Turska	H	..
11061	I0746	petrozni	7928	Turska	G2a2b2a1~	..
11062	I1096	petrozni	8300	Turska	I2	..
11076	Bar31	petrozni	8272	Turska	G2a	..
11079	MA2200	..	3575	Turska	J2a1a1a2b~	..
11216	I5884	zub	4735	Ukrajina	R1b1a1b1b	grobnica
11307	ShukaKaa	zub	10366	SAD	Q1b1	pećina
11423	AHUR770c	..	10988	SAD	Q1b1a1a	..
11583	I1775	..	3563	VB	R1b1a1b1a~	pećina
11849	C2036	kost	4224	Kina	Q2	..

 

Analiza glavnih komponenti alela Y hromozoma

Slika 7 je PCA grafikon Max Planck Y hromozoma na osnovu matrice udaljenosti dijeljenih alela u paru. Šemove haplogrupe NR su zelene, Hamove haplogrupe E su ljubičaste, a Jafetove haplogrupe IJ su narandžaste. Moderni uzorci su čvrsto povezani, osim za A i B haplogrupe. Tri neandertalca se skupljaju i odvojeni su od 2 denisovana koji se takođe skupljaju. Neandertalci, denisovani i moderni hromozomi Y haplogrupe a00_A00 su genetski različiti jedni od drugih i od ostalih modernih Y hromozoma. Ovaj obrazac je rekapituliran u PCA grafikonu Max Planck Karminovom VCF Y hromozomske transverzije SNP-ova (slika 8). Ovdje se tri A00 Y hromozoma grupišu najbliže neandertalcima i dalje od svih ostalih Y hromozoma.

Slika 9. je PCA grafikon Mesmaiskaya 2 neandertalskog Y hromozoma i 99 Y hromozoma kamenog doba na osnovu matrice udaljenosti dijeljenih alela u paru napravljene od transverzionih SNP-ova. Osim jednog modernog uzorka, Max Planck a00_A00 Y hromozoma, ovaj grafikon sadrži samo podatke o aDNK Y hromozoma iz Allen Ancient DNK Resource i podatke o aDNK Y hromozoma jednog neandertalca iz studije Max Planck koji je takođe imao SNP podatke u Allen Ancient DNK resurs. Neandertalski Y hromozom spaja se s dvije A haplogrupe i jednim od dvije B haplogrupe Y hromozoma. Iako postoji mnogo raspršenja na PCA grafikonu, jasno se razdvajanje između ove grupe i svih ostalih Y hromozoma kamenog doba. PCA grafikon pokazuje da je Mezmaiskaya 2 neandertalski Y hromozom poput dvije A haplogrupe i jednog Y hromozoma haplogrupe B i genetski se razlikuje od svih ostalih Y hromozoma kamenog doba. Imajte na umu da se moderni uzorak A00 iz skupa podataka Max Planck i uzorak aDNA A00, Camaroonian, iz Allen skupa podataka spajaju zajedno. Ovo je dokaz da se aDNK može pouzdano uporediti sa modernom DNK kada je poređenje ograničeno na transverzije, kao na ovom PCA grafikonu. Tabela 4. su metapodaci iz Allen skupa podataka za 99 uzoraka Y hromozoma kamenog doba koji su korišteni za proizvodnju rezultata predstavljenih na sl. 6 i sl. 9.

 

Diskusija

Analiza koja je ovdje prikazana pokušava zamijeniti evolucijsku interpretaciju genetike neandertalskog/denisovanskog Y hromozoma jednim mogućim biblijskim tumačenjem, Jeansonovim (2022, 174). Ova promjena je uključivala preusmjeravanje stabla hromozoma Y od zajedničkog porijekla sa šimpanzom u zajedničko porijeklo sa Jeansonovim predloženim Nojevim korijenom. Drugi mogući korijeni stabla mogli su biti odabrani prema biblijskim pretpostavkama, ali sve oznake korijena imaju učinak jednostavnog presavijanja grana stabla kako bi odgovarale različitim proizvoljnim vremenskim razmacima od korijena do vrha. Na primjer, drvo na sl. 3 je preusmjereno na dva alternativna korijena koja je dao Jeanson (2019), odnosno njegove „gama“ i „epsilon“ korijene, a neandertalski i denisovanski Y hromozomi i dalje se granaju među A haplogrupom Y hromozomima. Ovaj dosljedan obrazac grananja je zato što algoritam spajanja susjeda koji se koristi za konstruiranje stabla proizvodi neukorijenjeno stablo s najsličnijim sekvencama koje se granaju zajedno. Stoga se slične sekvence mogu napraviti da se granaju odvojeno samo ako je korijen stabla postavljen tačno između ovih sličnih grana. U evolucionom stablu (slika 1) duge grane neandertalaca i denisovana predstavljaju odstupanje njihovog Y hromozomskog niza od onih modernih tokom navodnih 700.000 godina kako su ljudi nastavili da evoluiraju. Sa Jeansonovim Nojevim korijenom i smanjenjem vremenske skale na 4.500 godina, čini se da duge neandertalske i denisovanske grane predstavljaju hipermutaciju na njihovim Y hromozomima jer potiču od Noja. Ovom reinterpretacijom, čini se da se neandertalski i denisovanski Y hromozomi spuštaju među hromozome A haplogrupe Y u Hamovoj liniji. Prema evolucijskom tumačenju, neandertalski i denisovanski Y hromozomi su genetski različiti od svih modernih Y hromozoma zbog njihove velike antike, što omogućava da se mnoge mutacije akumuliraju na sekvenci. Ali prema ovom biblijskom tumačenju oni su genetski različiti zbog visoke stope mutacije Y hromozoma. Obje interpretacije uključuju odabir korijena stabla i odabir vremenskog okvira na način koji podržava njihove primarne pretpostavke. Na ovaj način, oba su primjeri kružnog zaključivanja jer pretpostavke unaprijed određuju zaključke. Stoga je bitka između njih svjetonazorski sukob sa svakim pokušajem da argumentuje svoje viđenje ljudskog porijekla. Sada ćemo uporediti ova suprotna gledišta, a zatim raspravljati o uzroku visoke stope mutacija, poteškoćama sekvenciranja aDNK, geografskoj distribuciji ostataka neandertalaca i uzroku izumiranja neandertalaca.

 

Sekularni pogled na neandertalca

Nedavni nobelovac Svante Pääblo sa Instituta Max Planck sažeo je trenutno sekularno razumijevanje ljudske filogenije navodeći da su neandertalci i denisovani postojali stotinama hiljada godina, a ipak su ostali u kamenom dobu, dok su moderni ljudi brzo evoluirali, dostigli naprednu tehnologiju i proširili se po svijetu za samo nekoliko hiljada godina (Pääblo 2022). Studija Maxa Plancka (Petr et al. 2020) daje podršku ovom mišljenju ukorjenjivanjem stabla Y hromozoma u zajedničkog pretka sa šimpanzom, što ima za posledicu da se neandertalski i denisovanski Y hromozomi granaju odvojeno od svih modernih Y hromozoma. Bilo bi lako za svakoga ko sluša govor ovog nobelovca i pregleda studiju Maxa Plancka da zaključi da genetski podaci neandertalskih Y hromozoma dokazuju da su ljudi evoluirali od majmuna. Da je ovaj zaključak u potpunosti zasnovan na evolucijskim pretpostavkama, nije lako očigledno slučajnom posmatraču.

Evolucione pretpostavke služe jednoj centralnoj svrsi. Ta svrha je da predstavi sliku ljudske istorije koja traje stotinama hiljada godina. To dugo vrijeme navodno daje dovoljno vremena da proces evolucije proizvede moderne ljude jer su arhaični sojevi ostavljeni u porijeklu čovjeka od predaka majmuna. U skladu s tim, „strogi molekularni sat“ se koristi za evolucijsku interpretaciju tako da su se sve mutacije akumulirale na Y hromozomu konstantnom brzinom za sve loze (Carter, Lee and Sanford 2018). Rad Max Plancka koristi strogi molekularni sat kako bi došao do starosti od 249.000 godina za vrijeme do najnovijeg zajedničkog pretka (TMRCA) svih modernih ljudi. U suštini, prihvatili su starost C-14 od 45.000 godina koja je pripisana ostacima lovca-sakupljača iz Sibira (Fu et al. 2014) i, prebrojavanjem genotipskih razlika između Y hromozoma ovog čovjeka i panela neafričkih modernih Y hromozoma, izračunali su stopu mutacije od 7,34E-10 po baznom paru godišnje. Ova stopa mutacije je zatim primijenjena na razlike genotipa između njihovog A00 Y hromozoma i njihovih neafričkih Y hromozoma da bi se dobilo 249.000 godina (Petr et al. 2020, dodatak 22). Na isti način, koristeći genotipske razlike između tri neandertalca i modernih Y hromozoma, izračunali su TMRCA između neandertalaca i modernih ljudi prije 370.000 godina. Ova upotreba strogog molekularnog sata i uniformiranog datuma C-14 rezultira procjenama starosti koje nisu kompatibilne s biblijskom vremenskom skalom i podržavaju evolucijsku vremensku skalu s njegovim implikacijama na ljudsku evoluciju. Međutim, kada se pretpostavlja da su svi ljudi, uključujući neandertalce i denisovane, potekli od Noja, koji je živio prije oko 4.500 godina, pojavljuje se potpuno drugačija slika.

 

Biblijski pogled na neandertalca

Stabla s Nojevim korijenom pokazuju neandertalske i denisovanske Y hromozome koji se granaju između A haplogrupe Y hromozoma koji potiču od Noja u Hamovoj liniji. Budući da su neandertalci i denisovani potomci Noja nakon potopa, njihovi Y hromozomi su samo kopije Nojevog Y hromozoma sa dodatnim mutacijama. Varijante zajedničke za neandertalske, denisovanske i A hromozome haplogrupe Y moraju biti najranije mutacije u linijama A haplogrupe koje potiču od Hama. Kada se pretpostavi da su se sve genotipske razlike među Y hromozomima akumulirale od Noja, za oko 4.500 godina, očigledno objašnjenje za odstupanja u dužinama grana stabla Y hromozoma su varijabilne stope mutacija između Y hromozomskih linija (Jeanson and Holland 2019.). Dakle, neandertalski Y hromozomi se razlikuju od većine modernih ne zato što su se odstupili od modernih tokom nekoliko stotina hiljada godina, već zato što neandertalci imaju mnogo veću stopu mutacija. Na isti način, čini se da se Y hromozomi A00 haplogrupe razlikuju od neafričkih Y hromozoma zbog veće stope mutacija. Iz ove analize dolazi se u iskušenje da se zaključi da su neandertalci poput modernih ljudi. Međutim, ovdje se razmatra samo divergencija Y hromozoma. Različiti djelovi genoma mogu imati različite istorije divergencije što otkriva da su neandertalci i denisovani mnogo drugačiji od modernih ljudi na genetskoj osnovi.

Jeansonov Nojev korijen je jedna od nekoliko mogućih biblijskih pretpostavki. Drugi korijeni mogu biti u skladu s istorijskim zapisima Postanja i uzrokovati različito savijanje grana stabala tako da dužine grana nisu toliko različite. Duboke grane ovog stabla, koje predstavljaju prvih nekoliko generacija nakon Potopa, mogle bi biti jednakije po dužini od Jeansonovog ukorijenjenog drveta, što ukazuje da su sve loze koje potiču od Noja imale veće stope mutacija u prošlosti, ubrzo nakon Potopa. Budući da su neandertalci i denisovani živjeli samo nekoliko generacija nakon potopa, to može objasniti njihovu veću stopu mutacija. Možda su svi muškarci tada imali veću stopu mutacija. Dakle, koji bi Nojev korijen bolje odgovarao genetskim podacima? Na ovo pitanje može se odgovoriti poređenjem neandertalskih Y hromozoma sa drugim Y hromozomima kamenog doba.

Kakva je stopa mutacije neandertalskog Y hromozoma u poređenju s onom kod drugih muškaraca iz kamenog doba? Jesu li svi imali veću stopu mutacija od modernih muškaraca? Odgovor bi mogao doći iz poređenja sekvenci Y hromozoma iz kamenog doba sa referentnim genomom, kao što je urađeno sa podacima Max Plancka (vidi tabelu 1). Ali direktna poređenja sekvenci između Y hromozoma muškaraca iz kamenog doba ne mogu se obaviti koristeći Allenov skup podataka jer sadrži samo pozive genotipova za odabrane SNP. Dakle, da bi se odgovorilo na ovo pitanje, neandertalski i drugi Y hromozomi iz kamenog doba su upoređeni koristeći PCA distanciranja parova alela transverzionih SNP-ova. Ovaj PCA grafikon (sl. 9) pokazao je neandertalsku grupu najbližu muškarcima haplogrupe A, ali je bilo dosta raspršenosti u obrascu i grupe nisu bile jasno odvojene, za razliku od PCA grafikona za neandertalce i moderne (sl. 8). Raštrkani obrazac PCA grafikona implicira da se neandertalci i muškarci iz kamenog doba nisu toliko razlikovali u stopi mutacije Y hromozoma kao neandertalci i moderni muškarci. Međutim, greške u sekvenciranju i nepravilna pokrivenost, o kojima se govori u nastavku, mogu objasniti povećano raspršivanje u PCA grafikonu kamenog doba. Ipak, ostaje istina, prema biblijskim pretpostavkama, da se neandertalski Y hromozomi genetski razlikuju od većine modernih po tome što imaju visoku stopu mutacija. Moguća objašnjenja za izuzetnu stopu mutacija neandertalskih Y hromozoma uključuju „patrijarhalni nagon“ i defektne mehanizme popravke DNK.

 

Uzroci visoke stope neandertalskih mutacija

Čini se da se Y hromozomi neandertalca i denisovana jako razlikuju od većine modernih Y hromozoma. Prvo pitanje koje se mora pozabaviti u vezi s velikim brojem varijanti alela pronađenih na ovim drevnim Y hromozomima je da li su oni posljedica grešaka u sekvenciranju DNK ili mutacija koje su se akumulirale dok su ovi ljudi potekli od Noja.

Zaista, veći dio protekle dvije decenije laboratorije, poput onih na Institutu Max Planck, posvetile su prevladavanju problema sekvenciranja visoko fragmentirane i degradirane aDNK. Većina onih koji rade na aDNK sada se slaže da se genom neandertalca jako razlikuje od modernih ljudskih genoma, a to nije samo zbog grešaka u sekvenciranju aDNK.

Prelazne SNP-ove treba izbjegavati jer su vjerovatnije artefakti raspadanja. Smatra se da su preostali transverzioni SNP-ovi na neandertalskom Y hromozomu uglavnom mutacije koje su se nakupile tokom prirodnog porijekla.

Neizvjesnost i dalje postoji. Koji je tačno dio varijanti neandertalskog Y hromozoma artefakt u odnosu na naslijeđene mutacije? Zanemarivanje prelaznih SNP-ova, za koje je veća vjerovatnoća da će biti artefakti raspadanja, ne uvjerava da su svi transverzioni SNP-ovi validni. Prilikom konstruisanja filogenetskih stabala ili analize zajedničkih varijantnih alela, kao u JC i PC analizi, specifični prelazni SNP-ovi koji definišu loze haplogrupa određuju rezultate. Druge varijante, bilo da su artefakti ili stvarni naslijeđeni varijantni aleli, nisu značajne i pretpostavlja se da su „privatne varijante“, koje se nalaze na svim Y hromozomima, a neki imaju više od drugih. Linije Y hromozoma sa stopom mutacije od dvije ili tri po generaciji obično imaju malo ovih privatnih varijanti, dok će loze s većom stopom mutacija imati više privatnih varijanti. Neandertalski i denisovanski Y hromozomi dijele mnoge značajne SNP-ove s A haplogrupom Y hromozomima. Zbog toga se granaju zajedno u filogenetskim stablima i grupišu u PCA grafovima. Ali uzrok velike divergencije neandertalskih i denisovanskih Y hromozoma kao što se vidi na sl. 4, gdje se računaju sve varijacije, i tranzicije i transverzije, moraju biti posljedica mnogih privatnih varijanti od kojih su neke artefakti, a ostale su naslijeđene mutacije. Sposobnost da se razluči koje su od najrjeđih transverzija neandertalskog Y hromozoma artefakti, a koje su naslijeđene mutacije, čeka daljnji napredak u nauci o sekvenciranju aDNK.

Ako greške u sekvenciranju nisu uzrokovale prevelik broj alela varijanti neandertalskog Y hromozoma, jedina druga opcija je hipermutacija. Dakle, šta je uzrokovalo visoku stopu mutacija u neandertalskim Y hromozomima? Jedna od mogućnosti je patrijarhalni nagon, koji uzrokuje sve veće mutacije kod djece rođene od očeva poodmakle dobi (Carter 2019). Budući da se muška spermatogonija konstantno razmnožava tokom života muškarca, i budući da se mutacije javljaju kad god se DNK replicira, više mutacija se nalazi u spermi starijih očeva. Ugonije majke nisu podložne akumulaciji mutacija jer se ove ćelije ne dijele tokom života majke, već su u stanju mirovanja i čekaju ovulaciju. Tako se povećane mutacije javljaju kod djece rođene od očeva u poodmakloj dobi. Budući da su muškarci iz perioda neposredno nakon Potopa možda zadržali dio dugovječnosti pretpotopnih muškaraca (Carter 2023; Habermehl 2010), patrijarhalni nagon može biti faktor u povećanju mutacija kod ljudi rođenih ubrzo nakon Potopa. Može li velika akumulacija mutacija pronađena na neandertalskim Y hromozomima biti posljedica patrijarhalnog nagona koji je uticao na sve Y hromozome nekoliko generacija nakon Potopa? Ovo je jedna od mogućnosti jer je patrijarhalni nagon u korelaciji s očevom dugovječnošću i muškarci koji su živjeli u ranom postpotopnom periodu doživjeli su dugu starost. Za raspravu o dugovječnosti neandertalaca, pogledajte Živi zakopani od Jacka Cuozza (1998).

Drugo moguće objašnjenje je da su neandertalci (a možda i drugi Hamovi potomci) naslijedili, rano u svom poreklu od Hama, defekt u jednom od mehanizama za popravku DNK. Ovi mehanizmi popravke uključuju složenu interakciju više proteinskih enzima, koji bi mogli postati defektni ako bi pretrpjeli mutacije. Kod ljudi, progeroidni sindromi su rijetki genetski poremećaji koji mogu biti uzrokovani mutacijama jednog gena u mehanizmima popravke DNK. Na primjer, uzmite u obzir Wernerov sindrom, autosomno recesivni poremećaj uzrokovan mutacijom na genu koji kodira DNK helikazu na hromozomu 8. Prosječno preživljavanje za osobe s ovom rijetkom mutacijom je 54 godine (Sinha, Ghosh and Raghunath 2014). Ozbiljno štetna mutacija ove vrste dovela bi do brzog izumiranja loze, pri čemu bi nosioci mutacije bili nesposobni da prežive do reproduktivne dobi. Ali manje štetna mutacija mehanizama popravke DNK može uzrokovati veću, ali nesmrtonosnu stopu mutacija koja se prenosi u toj liniji. Neispravna popravka DNK mogla je biti uzrok izumiranja neandertalaca jer su se mutacije nakupile u njihovom genomu smanjujući njihovu kondiciju dok se snijeg ledenog doba gomilao oko njih. Evolucionisti ne žele priznati mogućnost neandertalske hipermutacije, očigledno zato što je u suprotnosti sa strogom pretpostavkom o molekularnom satu. Umjesto toga, kada razmatraju moguće genetske uzroke izumiranja, oni radije okrivljuju inbriding, što dovodi do povećane homozigotnosti koja omogućava ekspresiju recesivnih štetnih mutacija (Harris 2016). Svakako, inbriding je mogao doprinijeti izumiranju neandertalaca, što je tačka slaganja između evolucionista i kreacionista.

Ako je visoka stopa mutacija na koju ukazuje divergencija neandertalskog Y hromozoma uzrokovana defektnom popravkom DNK, to bi trebalo uticati na cijeli genom neandertalca. Možda je veliko odstupanje neandertalskog mitohondrijalnog genoma od modernog takođe posljedica hipermutacije.

 

Pouzdanost sekvenciranja aDNK

Rezultati ove studije mogu biti dovedeni u pitanje jer neki smatraju da je sekvenciranje aDNK nepouzdano (Thomas and Tomkins 2014). Iako je nauka o sekvenciranju aDNK uveliko napredovala u poslednjih 20 godina, mnogi problemi i dalje ostaju, što ilustruju poteškoće na koje se susreću pri radu s Allenovim skupom podataka. Na primjer, među 4.747 muških uzoraka koji su bili stariji od 3.000 godina prije nego što su bili prisutni u Allenovom skupu podataka, otkriveno je da samo 99 ima dovoljno genotipova za JC i PC analizu. I samo je jedan neandertalac iz studije Max Planck imao adekvatne pozive genotipa među SNP-ovima Allenovog skupa podataka koji su bili uključeni. Ovakav loš kvalitet podataka je rezultat teškoća sekvenciranja aDNK koja se raspala na male fragmente. Većina fragmenata je manja od 100 parova baza. Fragmenti kraći od 35 parova baza rutinski se odbacuju zbog pretjeranog propadanja (Petr et al. 2020, supplement). Kada se preostali fragmenti sekvencioniraju i sastave, nedostaje im kontinuirana pokrivenost Y hromozoma. Ovo je za razliku od sekvenciranja cijelih genoma svježe DNK, gdje se počinje s cijelim genomom koji se zatim fragmentira u procesu sekvenciranja i zatim ponovo sastavlja. Drugi problem sa aDNK je taj što se neki citozini razgrađuju do uracila, posebno na krajevima fragmenata. Pošto uracil nije baza DNK, mašina za sekvenciranje će nazvati uracil timin (Prüfer et al. 2014). Ovaj problem je donekle olakšan korišćenjem samo transverzionih SNP-ova u analizi, pristup koji je usvojila studija Max Planck i nastavljen u ovoj studiji. Smatra se da su transverzioni SNP-ovi manje podložni greškama sekvenciranja uzrokovanim degradacijom nukleotida nego prelazni SNP-ovi. Treći veliki problem kod sekvenciranja aDNK je kontaminacija modernom DNK, ljudskom i bakterijskom. Ovo je bio jedan od prvih velikih problema koji je morao biti prevaziđen u sekvenciranju aDNK. Laboratorijske tehnike razvijene za izbjegavanje ove kontaminacije uključuju rad u sterilnom laboratorijskom okruženju, sterilizaciju eksterijera uzoraka i bušenje duboko u uzorak kako bi se dobio DNK uzorak. Budući da je svježa kontaminirajuća DNK od ljudi i bakterija u zemljištu dugolančana netaknuta DNK, ona se uklanja iz uzorka kako bi se ostavila fragmentirana aDNK za proučavanje.

Uzimajući u obzir gore navedene probleme, kada se radi sa aDNK treba izbjegavati prelazne SNP-ove. Činjenica da neandertalski Y hromozom predstavlja sličan obrazac zajedničkih transverzijskih alela u poređenju sa modernim Y hromozomima i Y hromozomima kamenog doba je dokaz da je sekvenciranje aDNK tačno, sve dok se izbjegavaju prelazni SNP-ovi. Nadalje, kamerunski A00 Y hromozom iz kamenog doba se skuplja blizu modernog a00_A00 Y hromozoma na PCA grafikonu na sl. 9 iako su dva uzorka razdvojena nekoliko hiljada godina, i jedan je aDNK, a drugi svježi DNK. Da je sekvenciranje aDNK nevažeće, ova dva uzorka A00 se ne bi grupisala. Ovo predstavlja značajan napredak u pouzdanosti sekvenciranja aDNK.

 

Uspon i pad neandertalske loze

Ovo istraživanje postavlja filogeografsko pitanje. Ako su neandertalski Y hromozomi u A haplogrupi, zašto se ostaci neandertalaca nalaze samo u Evropi, Aziji i na Bliskom istoku? Haplogrupa A danas se nalazi u podsaharskoj Africi gdje još nisu pronađeni ostaci neandertalaca. Uvjerljivo objašnjenje za ovu neslaganje pruža zapis iz Postanja da su se ljudi proširili u Evropu i Aziju ubrzo nakon Babelskog događaja (Robertson and Sarfati 2003). Moguće je da se haplogrupa A podijelila na one muškarce koji su migrirali u Evropu i Aziju, pretke neandertalaca i denisovana, i njihovu braću koja su kasnije migrirala u podsaharsku Afriku. Budući da se čini da i neandertalski Y hromozomi i Y hromozomi A haplogrupe pokazuju hipermutaciju, bilo koji genetski defekt u popravci DNK morao bi se desiti kod zajedničkog pretka ova dva prije babelske disperzije prema ovom scenariju.

Poređenja alela i sličnost sekvenci pokazuju da neandertalski Y hromozomi imaju bliski afinitet prema haplogrupi A00, što je danas vrlo rijetka linija. Ovaj nalaz nije zasnovan na pretpostavci ili proizvoljnom korijenu stabla, već je karakteristika Y hromozoma u skupovima podataka Max Planck i Allen. Iako se široko vjeruje da su neandertalci izumrli, da li bi loze neandertalskog Y hromozoma mogle opstati u današnjem svijetu? Nekoliko linija dokaza sugeriše da je ova mogućnost vrijedna razmatranja. Svi ljudi izvan Afrike danas imaju neandertalske motive u svojoj autosomnoj DNK na nivoima između 1,5-2,1% (Prüfer et al. 2014). Ovo nije mala količina DNK jer ljudi imaju oko 1,5% autozomne DNK pretka koji je živio prije šest generacija. Nedavno su se mumificirani ostaci čovjeka koji je živio prije oko 5.250 godina na sekularnoj vremenskoj skali, u zapadnoevropskom halkolitu, pojavili iz glečera koji se topio u Alpima. Ötzi „ledeni čovjek“ pripada haplogrupi G2a2b i utvrđeno je da njegova loza postoji na Korzici i Sardiniji danas (Keller et al. 2012) gdje ova rijetka loza ima najveću učestalost u Evropi (Kivisild 2017). Ovo izaziva sledeće pitanje. Da li je moguće da neandertalski Y hromozom postoji u Evropi ili Aziji kao rijetka loza? Put do pronalaženja postojeće loze neandertalskog Y hromozoma je jasan. Međunarodno društvo za genetičku genealogiju (https://isogg.org) označilo je SNP A21560, G-to-C transverziju, specifičnim markerom neandertalca u haplogrupi A000-T. Neandertalac Mezmaiskaya 2 nosi ovaj marker. Ako se nađu moderni hromozomi A haplogrupe Y sa alelom ‘C’ na poziciji A21560, postojanost loze neandertalskog Y hromozoma bila bi gotovo dokazana. Naravno, homoplazija bi mogla proizvesti alel ‘C’ na ovoj poziciji, ali slučajnost pronalaženja modernog Y hromozoma u A haplogrupi sa tom homoplazom bi bila nevjerovatna. Samo će vrijeme pružiti dovoljno modernih podataka o Y hromozomu da se pokaže da li neandertalski Y opstaje.

Budući da su milioni modernih evropskih Y hromozoma sekvencirani, a ipak nije pronađen nikakav izdajnički znak neandertalske loze, većina naučnika iz evolucionističkog i kreacionističkog tabora vjeruje da su neandertalci izumrli. Ali o uzroku njihovog izumiranja i dalje se žestoko raspravlja, a mnoga mišljenja su ponuđena za njihovu smrt, od kanibalizma do klimatskih promjena (Timmermann 2020). Podaci Y hromozoma analizirani u ovom radu sugerišu da bi hipermutacija mogla biti faktor izumiranja neandertalaca. Takođe, nalazišta evropskih neandertalaca ukazuju na to da su neandertalci živjeli u malim populacijama (Hayden 2012) sa inbridingom među blisko srodnim osobama. Ovaj inbriding je uzrokovao nisku heterozigotnost neandertalskih genoma, oko jedne trećine od današnjih Evropljana (Prüfer et al. 2018). Teret hipermutacije i inbridinga bi izgledao kao savršena oluja genetske entropije sposobna da zbriše male, široko rasute grupe lovaca-sakupljača. Ova slika propadanja genoma je suprotna od onoga što predlaže teorija evolucije. Prema evolucijskoj teoriji, mutacije koje favorizuje prirodna selekcija su motor evolucijskog napretka. Ovaj sekularni pogled ne dopušta nikakvu genetsku entropiju. Dakle, preovlađujuće sekularno mišljenje o uzroku izumiranja neandertalaca favorizuje pojam konkurencije i asimilacije s evolucijski naprednijim AMH (Villa and Roebroeks 2014; Timmermann, 2020; Vaesen, Dusseldorp and Brandt 2021). Bilo da je izumiranje neandertalaca bilo zbog kombinacije inbridinga i visoke stope mutacija ili zbog demografske zamjene AMH, duge grane neandertalskog Y hromozoma ostaju kao pokazatelj hipermutacije. Grane modernih haplogrupa A-E su duže od grana drugih haplogrupa, što se jasno vidi kada je stablo Y hromozoma ukorijenjeno u korijenu Jeanson Noah (Jeanson 2022, color plate 22). Ovo sugeriše da ovi potomci Hama takođe imaju veće stope mutacije Y hromozoma od drugih haplogrupa Y hromozoma, vjerovatno zbog naslijeđenog defekta u mehanizmu popravke DNK. Znači li to da su osuđeni na izumiranje poput neandertalaca? Ne ako se inbriding svede na minimum, što se lako postiže u ovoj eri svjetske mobilnosti između velikih populacija.

 

Tumačenje neandertalca u svjetlu Svetog pisma

Rečeno je da „podaci ne govore sami za sebe, već se moraju tumačiti“. Iako nije uvijek tačna, ova izreka se odnosi na proučavanje neandertalaca i moderne ljudske genetike. Ako pretpostavke uključene u tumačenje neandertalske aDNK nisu jasno izložene za razmatranje, granica između pretpostavke i činjenice možda je zamagljena. Ovo posebno važi za početnike koji se bave ovom naučnom disciplinom. Neuspjeh da se objasne evolucijske pretpostavke povezane s tumačenjem neandertalske aDNK može mnoge navesti na zaključak da nauka o genetici dokazuje da su ljudi evoluirali od majmuna. Studija Max Planck, analizirana ovdje, u svom naslovu navodi da se neandertalski i denisovanski Y hromozomi tumače u evolucijskom okviru. Ali nakon što se pročita naslov, nema dalje rasprave o pretpostavkama koje određuju glavni zaključak rada. Nepriznata, a vjerovatno i neprepoznata od strane autora kao pretpostavka, je njihova tvrdnja da je nekoliko stotina hiljada godina bilo potrebno da bi se objasnila divergencija neandertalskih i modernih Y hromozoma. Stroga pretpostavka o molekularnom satu podržava ovu ideju „dubokog vremena“ tako što uveliko proširuje vremensku skalu stabla Y hromozoma. Stoga se pretpostavlja da duge dužine grana u njihovom stablu predstavljaju akumulaciju mutacija tokom četvrt miliona godina, a ne akumulaciju mutacija tokom mnogo kraćeg vremena zbog visokih stopa mutacija u nekim lozama. Studija Max Planck ilustruje da je uobičajeno da evolucionisti pretpostavljaju duboko vrijeme, a zatim to ne priznaju kao interpretaciju podataka (Froede and Akridge 2023). Argument je vrlo jednostavan, a podaci interpretirani ovim pretpostavkama su vrlo jasni: evolucija je proizvela moderne ljude dok je neandertalce poslala u izumiranje. Alternativne pretpostavke i različiti zaključci nisu vrijedni razmatranja evolucionista.

Međutim, neandertalska genetika se može tumačiti u svjetlu Svetog pisma. Prema Postanju, svi ljudi koji su danas živi potekli su od Noja: „Nojevi sinovi koji su izašli iz barke bili su Sim, Ham i Jafet. Kasnije se Hamu rodio Hanan. Njih trojica su bili Nojevi sinovi, i od njih je nastalo stanovništvo cijele zemlje.“ (Postanje 9:18-19) Pod pretpostavkom da su ostaci neandertalaca nakon Potopa, biblijski kreacionisti moraju zaključiti da su i neandertalci potekli od Noja. Kada se podaci o Y hromozomu studije Max Planck tumače ovom biblijskom pretpostavkom, čini se da se i neandertalski i denisovanski Y hromozomi spuštaju zajedno sa hromozomima A haplogrupe Y u Hamovoj liniji. Ovo tumačenje podržava biblijski pogled na svijet, a ne evolucijski.

Tri predviđanja proizilaze iz tumačenja neandertalske genetike u svjetlu Svetog pisma.

1. Otkriće se da genomi neandertalaca i denisovana nose mutacije u genima uključenim u popravku DNK.
2. Mjerenja stope pedigrea mutacija hromozoma A00 haplogrupe Y biće mnogo veća od normalne (Jeanson and Holland 2019).
3. Neandertalski Y hromozom možda postoji u današnjem svijetu.

Bilo da se ova predviđanja pokažu istinitima ili ne, samo u svjetlu Božje Riječi može se razumjeti prava istorija neandertalaca.

 

Zaključak

Koristeći biblijske pretpostavke zasnovane na istorijskom zapisu iz Postanja, nedavna studija u kojoj se upoređuju tri neandertalska i dva denisovanska Y hromozoma sa modernim Y hromozomima reinterpretirana je kako bi pokazala da ovi neandertalci i denisovani pripadaju lozama ljudi nakon potopa koji potiču od Noja u hamitskoj lozi. Specifičan predlog Nojevog korijena koristi se za ukorjenjivanje stabla Y hromozoma, pokazujući da se neandertalski i denisovanski Y hromozomi granaju sa modernim ljudima u A haplogrupi. Ovo tumačenje podržava sličnost sekvenci i sličnost zajedničkih alela između Y hromozoma neandertalaca, denisovana i muškaraca u A haplogrupi. Kada je stablo ukorijenjeno na ovaj način, duge neandertalske grane ukazuju na visoku stopu mutacije Y hromozoma, što je moglo doprinijeti izumiranju neandertalaca. Na osnovu malog uzorka od samo tri neandertalca i dva denisovana, ne može se zaključiti da su svi neandertalci i denisovani potekli od Hama, ili da su svi neandertalci i denisovani imali visoke stope mutacija koje su uticale na njihove cjelokupne genome. Odgovaranje na takva pitanja zahtijeva dodatnu istragu kada postanu dostupni drevniji DNK podaci. Relativno nedavna antika Noja i činjenica da svi ljudi danas imaju nešto neandertalske DNK u svojim genomima ohrabruje nas na pomisao da se postojeća loza neandertalskog Y hromozoma može naći u svijetu danas kada dovoljno modernih sekvenci Y hromozoma postane dostupno za analizu. Ova studija pokazuje da genetski podaci mogu doprinijeti našem razumijevanju ljudske istorije, ali se podaci moraju tumačiti u svjetlu Svetog pisma, što je nepogrešivi istorijski zapis koji proglašava da je Bog „učinio je da od jedne krvi sav rod čovječji živi po svemu licu zemaljskom…“ (Djela 17:26)

Marshall Jordan (AiG)

 

Reference

• Carter, Robert W. 2019. “Patriarchal Drive in the Early Post-Flood Population.” Journal of Creation 33, no. 1 April: 110–118.
• Carter, Robert. 2023. “The Extreme Rarity of Long-Lived People in the Post-Flood Era.” Journal of Creation 37 no. 2 (August): 63–67.
• Carter, Robert, Stephen Lee, and John C. Sanford. 2018. “An Overview of the Independent Histories of the Human Y Chromosome and the Human Mitochondrial Chromosome.” In Proceedings of the Eighth International Conference on Creationism. Edited by John H. Whitmore, 133–151. Pittsburgh, Pennsylvania: Creation Science Fellowship.
• Clarey, Timothy. 2023. “Neanderthals Possibly Used Pre-Flood Methods to Make Tar.” Creation Science Update, July 27. https://www.icr.org/article/Neanderthals-Possibly-Used-Pre-Flood-Methods/
• Colledge, Sue, James Conolly, Enrico Crema, and Stephen Shennan. 2019. “Neolithic Population Crash in Northwest Europe Associated with Agricultural Crisis.” Quaternary Research 92, no. 3 (23 August): 1–22.
• Cuozzo, Jack. 1998. Buried Alive: The Startling, Untold Story About Neanderthal Man. Green Forest, Arkansas: Master Books.
• Froede, Carl R. Jr., and A. Jerry Akridge. 2023. “Rocks Don’t Lie–Battling Worldviews.” Journal of Creation 37, no. 2 (August): 6–8.
• Fu, Qiaomei, Heng Li, Priya Moorjani, Flora Jay, Sergey M. Slepchenko, Aleksei A. Bondarev, Philip L. F. Johnson, et al. 2014. “The Genome Sequence of a 45,000-Year-Old Modern Human from Western Siberia.” Nature 514, no. 7523 (22 October): 445–449.
• Habermehl, Anne. 2010. “Those Enigmatic Neanderthals: What Are They Saying? Are We Listening?” Answers Research Journal 3 (January 13): 1–21. https://answersresearchjournal.org/those-enigmatic-neanderthals/.
• Harris, Kelley, Rasmus Nielsen. 2016. “The Genetic Cost of Neanderthal Introgression.” Genetics 203, no. 2 (1 June): 881–891.
• Hayden, Brian. 2012. “Neandertal Social Structure?” Oxford Journal of Archaeology 31 no. 1 (February): 1–26.
• Jeanson, Nathaniel T. 2019. “Testing the Predictions of the Young-Earth Y Chromosome Molecular Clock: Population Growth Curves Confirm the Recent Origin of Human Y Chromosome Differences.” Answers Research Journal 12 (December 4): 405–423. https://answersresearchjournal.org/human-y-chromosome-molecular-clock/.
• Jeanson, Nathaniel T. 2022. Traced: Human DNA’s Big Surprise. Green Forest, Arkansas: Master Books.
• Jeanson, Nathaniel T., and Ashley Holland. 2019. “Evidence for a Human Y Chromosome Molecular Clock: Pedigree-Based Mutation Rates Suggest a 4,500-Year History for Human Paternal Inheritance.” Answers Research Journal 12 (December 4): 393–404. https://answersresearchjournal.org/evidence-y-chromosome-molecular-clock/.
• Karmin, Monika, Lauri Saag, Mário Vicente, Melissa A. Wilson Sayres, Mari Järve, Ulvi Gerst Talas, Siiri Rootsi, et al. 2015. “A Recent Bottleneck of Y Chromosome Diversity Coincides with a Global Change in Culture.” Genome Research 25, no. 4 (April): 459–466.
• Keller, Andreas, Angela Graefen, Markus Ball, Mark Matzas, Valesca Boisguerin, Frank Maixner, Petra Leidinger, et al. 2012. “New Insights into Tyrolean Iceman’s Origin and Phenotype as Inferred by Whole-Genome Sequencing.” Nature Communications 689 (28 February).
• Kivisild, Toomas. 2017. “The Study of Human Y Chromosome Variation Through Ancient DNA.” Human Genetics 136 no. 5 (4 March): 529–546.
• Lubenow, Marvin L. 2004. Bones of Contention: A Creationist Assessment of Human Fossils. Grand Rapids, Michigan: Baker Books.
• Mallick, Swapan, Adam Micco, Matthew Mah, Harald Ringbauer, Iosif Lazaridis, Iñigo Olalde, Nick Patterson, and David Reich. “The Allen Ancient DNA Resource (AADR): A Curated Compendium of Ancient Human Genomes.” bioRxiv 2023 April 6, 2023.04.06.535797. doi:10.1101/2023.04.06.535797.preprint.
• Oard, M. 2003. “Neanderthal Man—The Changing Picture: An Overview of How This Alleged ‘Subhuman’ is Being Progressively Rehabilitated, Despite the Evolutionary Bias Resisting the Trend.” Answers. https://answersingenesis.org/human-evolution/neanderthal/neandertal-man-the-changing-picture/.
• Pääblo, S. 2022. “The Neandertal Genome and the Evolution of Modern Humans.” Nobel Prize Lecture presented at Aula Medica, Karolinska Institutet in Stockholm, Sweden on 7 December, 2022. https://www.nobelprize.org/prizes/medicine/2022/paabo/lecture/.
• Petr, Martin, Mateja Hajdinjak, Qiaomei Fu, Elena Essel, Hélène Rougier, Isabelle Crevecoeur, Patrick Semal, et al. 2020. “The Evolutionary History of Neanderthal and Denisovan Y Chromosomes.” Science 369, no. 6511 (25 September) 1653–1656.
• Prüfer, Kay, Fernando Racimo, Nick Patterson, Flora Jay, Sriram Sankararaman, Susanna Sawyer, Anja Heinze, et al. 2014. “The Complete Genome Sequence of a Neandertal From the Altai Mountains.” Nature 505, no. 7418 (January 2): 43–49.
• Prüfer, Kay, Cesare de Filippo, Steffi Grote, Fabrizio Mafessoni, Petra Korlevic´, Mateja Hajdinjak, Benjamin Vernot, et al. 2018. “A High-Coverage Neandertal Genome From Vindija Cave in Croatia.” Science 358 no. 6363 (November 3): 655–658.
• Robertson, Mark, and Jonathan Sarfati. 2003. “More Evidence Neandertals Were Fully Human.” TJ 17, no. 3 (December): 13.
• Sankararaman, Sriram, Swapan Mallick, Michael Dannemann, Kay Prüfer, Janet Kelso, Svante Pääbo, Nick Patterson, and David Reich. 2014. “The Landscape of Neanderthal Ancestry in Present-Day Humans.” Nature 507, no. 7492 (March 20): 354–357.
• Shennan, S. and K. Edinborough. 2007. “Prehistoric Population History: From the Late Glacial to the Late Stone Age in Central and Northern Europe.” Journal of Archaeological Science 34, no. 8 (August): 1339–1345.
• Sinha, Jitendra Kumar, Shampa Ghosh, and Manchala Raghunath. 2014. “Progeria: A Rare Genetic Premature Ageing Disorder.” Indian Journal of Medical Research 139, no. 5 (May): 667–674.
• Thomas, Brian, and Jeffrey Tomkins. 2014. “How Reliable Are Genomes from Ancient DNA?” Journal of Creation 28 no. 3 (December): 92–98.
• Timmermann, Axel. 2020. “Quantifying the Potential Causes of Neanderthal Extinction: Abrupt Climate Change Versus Competition and Interbreeding.” Quaternary Science Reviews 238 (15 June): 106331.
• Vaesen, Krist, Gerrit L. Dusseldorp, and Mark J. Brandt. “An Emerging Consensus in Palaeoanthropology: Demography was the Main Factor for the Disappearance of Neanderthals.” Sceintific Reports 11, 1 March: 4925. https://www.nature.com/articles/s41598-021-84410-7
• Villa, Paola, and Wil Roebroeks. 2014. “Neanderthal Demise: An Archaeological Analysis of the Modern Human Superiority Complex.” PLoS One 9, no. 4, (April 30): e96424.